福建医科大学附属第二医院第二代试管婴儿的费用约为40000-60000元，但具体费用要根据患者的实际情况来决定，不同的患者，福建医科大学附属第二医院试管婴儿的费用是不同的。其中促排卵药物的费用是最贵的，大约需要10000-20000元。