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三代试管是养囊难还是筛查难并不能够确定，因为不同的患者具体情况不同，可能有的情况是养囊成功率高，而胚胎送检通过率低，也有可能是养囊失败的多，而胚胎却没有太多异常，当然也可能养囊和筛查都成功，具体和不孕夫妻身体情况有关。第三代试管婴儿能够在发育的胚胎中活检细胞，通过对染色体检查，明确胚胎是否携带遗传性疾病或染色体异常，而养囊成功率则取决于精子卵子质量、养囊技术和实验室设备，如果精子和卵子质量差，囊胚培养失败的可能性会比较高，而究竟是养囊的成功率高还是三代筛查通过率高，具体如下：1. 一般在胚胎培养的第三天就能够基本看出胚胎的优劣，而养囊则是一个优胜劣汰的过程，优胚培养成囊胚的成功率高达80%；2. 而如果第三天的胚胎质量较差，且医院的养囊技术不足，实验室环境也不达标，那么养囊失败的可能性就会增大，此时养囊成功率不足30%；

3. 而第三代试管的筛查通过率主要与夫妻双方遗传病和染色体疾病严重程度有关，一般来说三代试管筛查通过率在40%左右，相比养囊成功率要低一些。另外，即使胚胎养囊成功，活检筛查通过，也不能保证百分百着床，如果女性患有子宫内膜炎、子宫内膜息肉等，则会对胚胎着床造成影响，从而影响到第三代试管婴儿的成功率，除此之外如果女性的年龄比较大，尤其是超过40岁以上时，成功率也比较低。