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第三代试管婴儿因为要对胚胎进行染色体筛查，所以是可以诊断出胚胎的性别的，但是由于我国法律明确规定严禁非医学需要鉴定胎儿性别，属于违法行为，所以是不可以通过第三代试管婴儿技术选择婴儿性别的，如果有助孕机构说可以选择胚胎性别，那么他可能存在违法行为，要谨慎考虑。但如果是存在某些遗传病与性别有关，即染色体上有异常基因，比如在患病系中常表现为女性携带，男性患病，只传男不传女，就可以通过三代试管技术让患者下一代生育女孩，避免遗传缺陷，但程序很严格，必须经过医院遗传科专家会诊，同时通过医院生殖伦理委员会的集体讨论通过。 但是像美国、泰国等一些国家，鉴定胎儿性别就是合法的，通过胚胎植入前基因筛查（PGS）技术，在胚胎（80-120个细胞）植入女性子宫前提取1-2个细胞对其进行性染色体筛查，检测胚胎是xx（女孩）还是xy（男孩），然后根据性别选择需要植入到母亲子宫内。但是无法保证配成的胚胎所有都是男胚或者女胚，这样的技术是没法百分百达到的，因为决定性别的精子Y染色体挑选主要靠胚胎学家的经验，在目前世界上是没有任何仪器跟技术是能够把男性Y精子全部分离出来，达到胚胎百分百是男孩或者女孩。